1、相比于傳統的扦插、嫁接，組織培養需要具備的條件更高些，而且對設備也有一定的要求，培養時要保證無菌的環境，需要一定的投入，并不是隨便在某個角落就能夠輕松的完成的。

  2、組織培養首先要準備合適的培養基，但是一種植株的品種很難找到合適的培養基，需要逐漸的實驗篩選，有一定的周期。這也給組織培養的普及，帶來一定的困擾。

  3、組織培養較大的難點就是降低組培苗的污染率和提升組培苗移栽的成活率，組織培養雖然能夠培養出很多幼苗，但是適應環境的能力還是有一定要求的，整體的技術和實踐要求進而限制了組織培養的普遍應用。