1、確定品種、用途和容量。
首先，組培室設計應該考慮你想生產的品種，這是我們通常不太注意的。許多人認為，在將來建造一個組織培養室可以生產許多甚至所有的植物品種。這是比較常見的誤解。事實上，不同植物品種的組織培養特性也不同，培養周期和培養條件也不同。沒有品種特征的盲目設計將對未來的空間利用、生產效率、環境控制和生產成本產生不可估量的影響。其次，應考慮生產目的。是快速繁殖嗎?還是幼苗解毒?你們賣瓶苗、半成苗還是成苗?這些需要在設計階段充分考慮。組培植物的布局設計目的也不同。另外，根據生產能力，結合品種、市場和自身條件設定目標生產能力，最終根據生產能力確定組培工廠的規模。
2、合理的空間布局，提高工作效率。
良好的空間布局至少應滿足以下基本條件：
第一，功能齊全，可進行流程操作。
第二，可以區分人員和物流渠道，避免交叉。
第三，有清潔控制區和非控制區，區域之間有相應的過渡措施。
3、根據規模合理選材，降低施工成本。
凈化材料，鋁合金+玻璃，環氧地板，PVC地板，清潔燈具等組織培養植物裝飾材料很多。應根據組培室的面積、資金預算、預置能力等綜合考慮選擇哪些材料進行裝修，找到合適的組合，達到至佳投入產出比。
4、區域清潔處理，降低培養過程污染率。
組織培養過程中的污染是任何組培室都不可避免的問題。因此，無論大小，都應建立相應的清潔控制區。當然，不同的規模和投資可以選擇不同的方式(管道通風凈化處理、移動式自凈處理、FFU區域凈化處理、新鮮空氣通風凈化處理等)
5、合理的暖通空調設計，降低運行成本。
根據組培室的規模，相應的暖通空調布置和暖通空調設計主要考慮空調、制冷和溫度的均勻性，而培養室是關鍵。集中中央空調設計可考慮規模較大且能快速進入大規模生產的。但對于目標不明確或無法快速進入生產狀態的小型組培植物，通常建議采用分體空調設計，這樣在早期生產過程中將大大降低運行成本。
6、注意防火設計，消除火災等安全隱患。
組培室設計階段需要考慮任何形式的工廠。裝修材料，線路設計，緊急通道，安全門等需要考慮到與安全相關的其他因素。
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